中央空調冷凝器極易結垢，正常在夏季供冷期應該做日常水處理，否則在高硬度水質的環境下運行，循環水系統內溶于水中的無機鹽就會隨著溫度的升高結晶析出，在冷凝器換熱面管壁上形成水垢，導致熱交換效率降低。同時硬垢增加，則能耗上升，結硬質水垢1mm厚時會增加6%~10%。
由于水的泥土、泥沙、腐殖物形成污垢，加上細菌、藻類等微生物及其分泌物形成的生物粘泥，會附著在冷凝器換熱管壁上形成泥垢，嚴重時造成管路堵塞；而污垢、粘泥會影響熱交換效率，多耗電能，造成高壓運行，嚴重時造成超壓停機。所有這些嚴重地影響了冷凝器的正常運行。
冷凝器清洗分為物理清洗和化學清洗，物理清洗一般用高壓水射流將冷凝器銅管的泥垢清理出來；如果結垢為硬質水垢，應進行化學清洗，物理方式無法將水垢除去。為了使冷凝器在****化狀態下運行，就必須對冷凝器進行專門的化學藥物處理，清除水垢、銹蝕、粘泥、殺菌和防腐蝕處理，還原成清潔的金屬表面。